TCGA癌症临床资料资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！

2006年，乳帕金森氏症DNA布谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）计划以多形特质结缔的组织母细胞膜疣（GBM）、肺鳞状细胞膜乳癌（LUSC）和卵巢溃疡特质囊腺乳癌（OV）开始为期3年的产业化重大项目，2009年~2015年全面进行时。到重大项目上半年，TCGA的网络科研人员工不作者已描绘了33种乳帕金森氏症各种类型10,000余唯病变的化学键相似性，并定义了很多化学键共通点。TCGA涵盖的诊疗最重要相似性代请注意时间很长的目录搜集。为必要确实应用于这些不具DNA相似性的海量诊疗目录，最近TCGA完成一批重大成果，发请注意在CellPress旗下的期刊。

本文对4同月5日发请注意Cell上的一文进行时编译。撰文阐述以OS（总求生期）、PFI（无进展间隔）、DFI（无病间隔）和DSS（病因相关活到）为四个主要诊疗结果绕道的TCGA泛乳帕金森氏症诊疗目录能源（TCGA-CDR）常规化目录库，并给出了每种乳帕金森氏症各种类型的绕道应用于促请。TCGA诊疗目录可从DNA目录共享空间（GDC）门户网站下载，所有的化学键目录在下载。诊疗目录和化学键目录应用于除此以外的标记形态，便于病变的诊疗资料和结果推测化学键目录统合。

TCGA泛乳癌目录库缓冲区相似性

布1A为诊疗目录统合和比对方法及4个主要诊疗绕道衍生和分析的流程布,对33份初始登记和97份后续目录文件，共33种乳帕金森氏症各种类型111,60唯乳帕金森氏症病变的资料进行时了处理方式。请注意1为每个TCGA缓冲区的基本相似性。按原发结果推测根据化学键相似性选入每个缓冲区，黏膜黑色素疣（SKCM）的原发和移往灶两种各种类型都有，其它极少数的原发与移往各种类型也有科研人员。

布1. 诊疗目录统合和比对方法及4个主要诊疗绕道衍生和分析流程布

请注意1. TCGA 泛乳癌缓冲区相似性

诊疗结果绕道OS、PFI、DFI和DSS

总求生期（OS）很最重要性，缺点是定义OS意外事件时模糊特质略低于。但应用于OS不作绕道可能动摇诊疗科研人员，因为非乳癌死法不一定能反映出生物学、来袭特质或对化疗缓解。应用于OS或需更慢的随访时间段；很多诊疗试验中所，通常采用相比随访时间段较短的DFI或PFI。针对整体TCGA诊疗目录，要认识到短时诊疗随访间隔在来袭特质乳帕金森氏症各种类型结果的最重要性特质，因为可能几年内就观察到诊疗意外事件，在丧命前已出现病况复发或进展。对来袭特质较弱的乳帕金森氏症各种类型，病变在数十乃至几十年后复发，随访期间可能无法观察足够意外事件以支亦然者可靠结果供推论。该比对的最终要能是检查TCGA泛乳癌诊疗检测的相比优势和偏低，监督短期内的比对和避开随访时间段段偏低等缺陷。

比对全部TCGA诊疗目录后，推论如下：在目录可获得时，OS、PFI及DFI相比简单，但一般来说情况下才会据估计DSS。布1B为33种完全相同乳帕金森氏症各种类型的OS K-M曲面。尽管求生比对不是TCGA主要要能，一般来说乳帕金森氏症各种类型求生曲面与过去分析完全相同求生绕道的脱离科研人员基本完全相同，GBM、OV（2008, 2011）和低等级结缔的组织疣（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好唯证。PFI、DFI和DSS的K-M曲面见布1C–1E。

布1 B-E诊疗目录比对

基于每种乳帕金森氏症各种类型4个绕道的观察时间段计算平均随访时间段及意外事件或检查的中所位时间段（请注意2）。所有的中所位随访时间段为22.1个同月，但完全相同各种类型乳帕金森氏症该时间段劣别极大；GBM和急特质髓系白血病（LAML）最短约12个同月，而肾嫌色细胞膜乳癌（KICH）最长约48个同月。

请注意2 总体中所位随访时间段及4个绕道的意外事件与观察中所位时间段

举荐应用于的诊疗结果绕道

诊疗结果绕道并不无需取决于科研人员要能、意外事件数量、缓冲区一般来说和结果目录数量级。将这些方法和开发的其它方法不作为对单个病因目录库的次测试和必要检查，给出在每种病因各种类型中所应用于每个结果绕道的促请及原因（请注意3）。每种乳帕金森氏症各种类型的求生绕道无需大概通过一个主要次测试和必要检查才被接受。33种乳癌中所的13种应用于全部4个绕道：腹腔尿路上皮乳癌（BLCA）、宫颈鳞状细胞膜乳癌（CESC）、结肠乳癌（COAD）、食管乳癌（ESCA）、鳞状鳞状细胞膜乳癌（HNSC）、肾状细胞膜乳癌（KIRP）、肺腺乳癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺乳癌（PAAD）、肉疣（SARC）、胃腺乳癌（STAD）和子宫内膜乳癌（UCEC）。也就是说，未曾一个绕道的有嗜铬细胞膜疣和副神经节疣（PCPG）。淋巴笼罩大B细胞膜淋巴疣（DLBC）、LAML和腰腺疣（THYM）均一个绕道；多余乳帕金森氏症各种类型2或3个绕道，但其中所一些亦然保留对此。最可靠的是PFI，可无保留地举荐给除LAML（无目录）、DLBC和KICH（慎重应用于）和PCPG（不举荐）则有的4种。

请注意3 绕道OS,PFI,DFI及DSS的分析与举荐应用于

有效性TCGA-CDR及案唯应用

在乳腺乳癌科研人员中所，孕酮ER阴特质病变诊疗求生期预后比ER+病变劣。分别用OS、PFI、DFI和DSS比起这两类病变的求生期（布3A–3D；曲面上半年于10年随访时间段，但应用于整个目录库进行时比对）。单状况比对推测，应用于PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）不作为诊疗绕道，TCGA中所ER+乳腺乳癌病变比ER-病变有更好的求生期，但应用于OS时两类病变间不共存劣别(p = 0.097) 。此则有，两类病变的DSS（p = 0.009）有总体劣别，请注意明DSS的潜在价最大值。以上发现得出结论了PFI和DFI是特定各种类型乳腺乳癌化学键科研人员的恰当绕道。

布3 有效性和应用实唯

此则有还有效性了来袭特质GBM求生结果绕道。TCGA中所GBM中所位OS为12.6个同月，介于此前美联社的常规化疗的12.1个同月和常规化疗联合替莫唑胺的14.6个同月之间。中所位PFI是6.1个同月，介于此前美联社的常规化疗5个同月和常规化疗联合替莫唑胺的6.9个同月之间。确实，TCGA目录库OS和PFI意外事件时间段与文献一致。再次比拟OS和PFI不作为GBM化学键科研人员的诊疗绕道效度。

用Cox比唯后果回归假设确定高期（III、IV期）相比低期（I、II期）乳帕金森氏症病变的后果比（HR），有效性4个绕道的TCGA-CDR目录。由于DFI定义与其它结果的定义不一致，对举荐应用于OS、PFI和DSS的14种各种类型乳帕金森氏症比起logHR（请注意3）。随后均对实现Cox比唯后果推论的病因进行时人口统计（布3E–3G）。结果请注意明，14种各种类型乳帕金森氏症中所，除间皮疣（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素疣（UVM）则有，高期对比低期HR在3个举荐绕道OS、PFI及DSS上显着偏高。采用配对结果推测的Wilcoxon秩和检验，当应用于PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有总体劣别，推测病因进展和求生绕道在HR上共存系统错疑；OS与DSS之间未曾总体劣别（p = 0.106）。对2个logHR最大值的常规疑进行时当此加权平均确定Pearson相关系数， 由logHR据估计的3种结果有极总体亦然相关：PFI和OS相关系数0.96（95%贝叶斯[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%贝叶斯：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%贝叶斯：0.61–0.98）。这些相关特质潜在支亦然者诊疗早期用PFI，后期用OS和DSS来作绕道。

除了统合化学键目录，还无论如何比对首次化疗后无病病变与非无病病变确实出现完全相同的新近意外事件。TCGA-CDR中所29类乳帕金森氏症的资讯用于解决问题该问题，确立病变从诊断到完成首治并达致无病状态大概活到3个同月。以LUSC为唯，有289唯无病病变和41唯长期非无病病变，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox比唯后果回归假设，发现在非无病病变中所NTE后果总体高于无病病变（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR调整q最大值＜0.05）。在另则有21种乳帕金森氏症各种类型中所也有近似于结果（请注意4）。余下7种中所未曾观察到这些劣别。我们也在分析确实每个假设都实现比唯后果推论，其中所有两个不符合，无需科研人员时间段依赖及多函数假设来找寻原因。

请注意4 非无病与无病病变NTE拓展对比

TCGA从全球数百个条线路搜集传染病，为解决问题诊疗目录完全相同条线路间的可比特质，需权衡目录完整特质、和病变相似性等。对每种病因而言，我们对比了前两名获取传染病数最多的的组织；也条线路（TSS）与所有其它TSS的同种病因及4个结果绕道（请注意5）。

请注意5 对来自前两位TSS的每个乳帕金森氏症各种类型科研人员结果进行时比起

对于GBM等极不具来袭特质的，前两位TSS（#1和#2）的发医护人员群与其它TSS相比近似于的有OS、PFI和DSS，因意外事件太少难以比对不举荐DFI来作绕道。BRCA等极低来袭特质，有力举荐应用于PFI和DFI，但促请慎重用OS或DSS分析。TSS #1的诊疗目录导致很劣的OS和DSS，但未曾观察到PFI劣别；另则有，请注意面上TSS#1有更好的DFI结果，均出现3唯 DFI意外事件。这种请注意里不一的现象请注意明该条线路的结果目录需进一步分析。另一方面，TSS #2的4个绕道结果与其它大都一致。

这个简单的结果比起请注意明，当从特定结果比对既有TCGA的诊疗目录时，无需权衡TSS的不具体的资讯。由于年龄、分期/分级及化疗等状况影响完全相同TSS患医护人员群的绕道结果，TSS可以不作为这些和不实际上诊疗注释等其它未曾测量劣别的替代。

潜在的混杂状况、垄断结果的

后果及假设推论

对诊疗求生绕道比对来说，促请应用于所处理方式的全部诊疗目录。但相比化学键/DNA目录的统合比对，要注意两个方面。首先，举荐对此基于时间延迟求生假设，以化学键共通点不作数据分析变异划分结果推测集，意味著破坏结果人口统计的总体特质劣别。因此，从互相关联的TCGA化学键目录或共通点TCGA-CDR结果目录中所推论的推论需在脱离的目录库中所进一步得出结论。

第二，我们促请均应用于原发的化学键目录，因为病变初诊时，最重要性时间段的资讯等比如说的诊疗目录已搜集相比完整。黏膜黑色素疣（SKCM）在TCGA各种类型中所非常特殊，470唯中所均103唯原发，其余296唯为原发全局淋巴结移往，68唯后端移往。这与常常搜集到移往疣的其它TCGA乳帕金森氏症各种类型形成鲜明对比。SKCM移往疣常常不不具比如说的原发，而其它TCGA乳帕金森氏症各种类型尽管常常有移往疣，但都不不具比如说的原发结果推测。因此，对于SKCM结果的相关特质，促请只应用于有限数量的原发传染病，尽管SCKM淋巴结移往的III期传染病可不作为脱离组群进行时科研人员。

在应用于新近统合的TCGA-CDR目录库时，还无需注意：潜在联想状况、垄断结果的后果及假设推论。

混杂状况

混杂状况共存但被排除在假设之则有时，错疑可能偏高或远超过真实。如在乳腺乳癌的种族劣别科研人员中所，白人与黑人病变之间共存最重要性的基因请注意达劣别，然而根据化学键共通点进行时调整后，这种劣别总体减少甚至变为。治果也是潜在的混杂状况，当的资讯可获取时应适当权衡调整。化疗未曾知时，年龄、诊治医务人员及诊断年月等常规化疗不作为替代的资讯能减少部分疑劣。对这方面的决策者建模，鼓励应用于标志物预后科研人员促请统计数据（REMARK）。

垄断结果的后果

测定DSS、DFI和PFI绕道时，要对未曾漫长最重要性意外事件且无病的丧命病变进行时评议。在这种情况下，如果推论病变未曾其它死法，那她/他最终仍可能死于乳帕金森氏症指征。然而，在据估计化疗等数据分析变异对继发特质乳帕金森氏症或心血管病因等非指数乳帕金森氏症丧命后果的数据分析能力时，该推论并不比如说。

假设推论

应用Cox比唯后果（PH）假设必须检查PH推论。除少数案唯则有，大一般来说假设都实现Cox PH推论，但需进一步探索这些个案以找寻抵触推论的原因，从而对HR来作出更确实的据估计。尽管早已为清扫目录和解决问题问题付出代价了巨大努力，但仍共存最重要性的应用于限制，访问TCGA诊疗目录都必须了解这些限制。

首先，TCGA主要是为化学键科研人员设计，最初传染病并不无需来自多个行政部门不不具恰当库存的组织的未曾化疗原发传染病，因此这些传染病不构成连续特质。此则有，对于每种完全相同各种类型/科研人员，随访目录未曾统合搜集。同时，诊疗目录搜集的一些规则在过去不得不随着时间段的很长而改变。TCGA - CDR不涵盖乳帕金森氏症化疗历史学者，并非所有传染病都被注释。因此，比对特定各种类型或共通点的化疗取材远胜概况特质泛乳癌比对。当病变进行时不具体化疗时，得益能用DFI和PFI绕道有效比对。

其次，TCGA结果推测诊疗随访根据当地诊所的时间段请注意，可能为病因或特定肺脏的复发和医护人员最重要性生命状态的纪录，因此未曾TCGA指定的诊疗随访计划，均给出重大项目主要重申的化学键相似性。

最后，几乎所有TCGA获得的结果推测和DNA及化学键目录来自新近诊病变原发的单个切开，由此导致的DNA和化学键目录不能在空间或时间段任何方面一致捕获代请注意另一病变结果函数的异质特质。该问题不是TCGA相异的，任何一个系统原发特质科研人员都共存。

新拓展

这项工不作是有历史学者以来第一次全面系统地处理方式TCGA泛乳癌诊疗资料。由此导致的TCGA-CDR的结果绕道与脱离非TCGA科研人员结果一致，所述该能源在空前数量的诊疗尺度上获取了生物观测新近视角。也要认识到TCGA-CDR的内在应用于局限特质及最重要特质监督和举荐对此。早已非常严谨，生物病因未曾来大数量的化学键科研人员必须系统地搜集诊疗病理、化疗和转归意外事件目录，以坚亦然最高常规的诊疗科研人员。尽管有其局限特质，TCGA-CDR获取了常规化目录库，以及清晰的4个诊疗结果绕道导出，并解决问题了数量级问题，从而在泛乳癌和个体水平上进行时转化科研人员。未曾来目录科研人员的融合将提高结果之间的可比特质，更好地阐释和支亦然者重复。

参考资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics